チワワの祖先にコヨーテがいた

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チワワのゲノムの中に、コヨーテと同じ配列の断片が点々と残っていました。世界一小さな犬種として知られるあの犬に、北米の野生イヌ科動物の血が混ざっていたことになります。

見つけたのはスタンフォード大学などの研究者からなるチームで、成果は2026年7月に『Nature Communications』に載りました。ただ、この論文の主役はチワワではありません。中身の大半は、ゲノムのどの部分がどの祖先に由来するかを高速で割り出す新しい解析ソフトの話で、犬の話は最後に置かれた「実際に使ってみた例」です。それでも、その実例の部分がいちばん面白い結果を出しています。

ゲノムを区間ごとに「どこ由来か」で塗り分ける手法

今回のソフトは Gnomix（ノミックス）と Gnofix（ノフィックス）という2本立てです。やっていることは「局所祖先推定」と呼ばれる作業で、1本の染色体を短い区間に切り、区間ごとに「ここはヨーロッパ系」「ここは東アジア系」というふうに祖先集団のラベルを付けていきます。人間の場合、たとえばメキシコの人のゲノムを調べると、ヨーロッパ系・先住民系・アフリカ系の区間がモザイク状に入り混じって見えます。

この手のソフトは以前からありましたが、数十万人規模のデータや、何十世代も前に起きた古い混合を扱おうとすると急に遅くなったり精度が落ちたりしていました。古い混合ほど、世代を重ねるうちに組み換えで区間が細切れになり、短い断片を見分けるのが難しくなるからです。Gnomix は100世代以上前の混合でも90%を超える精度を保ち、人間でいえば3000年ほど前の出来事まで追えると論文は述べています。Gnofix のほうは、母方と父方の染色体の割り当てミスを直す補助ツールで、従来手法で37分かかった処理を7秒で終えたと報告されています。

人間のゲノムでの性能検証を終えたあと、チームはこのソフトを犬に向けました。既存の研究で公開されていた191頭のイヌ科動物の全ゲノムを教師データにして、コヨーテ、オオカミ、北極圏の犬、東アジアの犬、ヨーロッパの各犬種といったグループを区別できるモデルを作り、別の531頭の犬のゲノムに当てはめています。

先住民の犬の代わりを務めた「北極圏の犬」

ここで一つ工夫があります。ヨーロッパ人が来る前のアメリカ大陸には独自の犬がいましたが、その系統はほぼ絶えてしまい、現代の犬種には数%しか残っていません。教師データとして「先住民の犬」を丸ごと用意することはできないわけです。

ただ、古代ゲノムの先行研究で、先コロンブス期のアメリカ大陸の犬は、現代のハスキーやマラミュートといった北極圏の犬にもっとも近いことが分かっていました。そこでチームは、北極圏の犬を見分けるモデルを作れば、先住民の犬に由来する断片もそこに引っかかるはずだと考えました。

結果、北極圏由来の断片がもっとも多かった10犬種を並べると、9つは北極圏の犬か、それと混ざったことで知られるスピッツ系でした。残る1つが、メキシコ原産の無毛犬ショロイツクインツリ（以下ショロ）です。ショロのゲノムのうち4.03%が北極圏の犬と一致し、これは以前から別の手法で見積もられていた「ショロの先コロンブス期由来の成分は約3%」という数字とよく合います。論文は、この古い成分をゲノムの区間単位で特定したのは自分たちが初めてだとしています。

ショロの断片が示した「1703年」

ここからが本題です。祖先由来の断片は、混合から時間が経つほど組み換えで短く刻まれていきます。つまり断片の長さの分布を見れば、混ざってから何世代経ったかが計算できます。

チームがショロの北極圏由来断片にこの計算を当てはめたところ、およそ102世代前という値が出ました。犬の1世代を3年として遡ると306年前、西暦1703年（誤差33年）です。ヨーロッパから持ち込まれた犬と、メキシコにもともといた犬が交わった平均的な時期がこのあたり、ということになります。

この年代を、人間のほうの推定と並べてみます。メキシコでヨーロッパ系と先住民系の人々が混ざった時期は、同じような単一混合モデルを使った先行研究で1746年と見積もられています。犬のほうの1703年と、40年ほどしか違いません。人が混ざるのと同じ頃に、それぞれが連れていた犬も混ざっていた。犬のゲノムが、その土地の人の歴史をほぼなぞっていたわけです。

チワワに残るコヨーテの断片

アメリカ大陸の犬には、もう一つ独自の目印があります。コヨーテとの交雑です。コヨーテはアメリカ大陸にしかいないイヌ科動物なので、コヨーテ由来の断片があれば、その犬の祖先が大陸にいた証拠になります。

チームは、アメリカ大陸とつながりのあるもう一つの犬種としてチワワを調べ、実際にコヨーテと共有する断片を見つけました。その断片だけを取り出して他のイヌ科動物と比べると、系統樹の上でコヨーテのそばに落ち着きます。犬のゲノムにたまたま似た配列があったのではなく、由来がコヨーテだと確認できたということです。

ただし、論文がこの交雑の年代を計算しているわけではありません。ショロのように断片の長さから時期を割り出す作業は、チワワについては行われていません。論文は「先コロンブス期の文化がコヨーテと犬を交配させていた証拠がある」という2018年の古代ゲノム研究を引いて、その流れの中に今回の発見を置いています。コロンブス以前に混ざったと考えるのが自然ではあるものの、今回の結果だけでそこまで言い切れる段階ではないと読んでおくのがよさそうです。

小さな体はコヨーテのせいではない

コヨーテの血が入っていると聞くと、チワワの性格や見た目をそこに結びつけたくなります。研究チームに加わっていない動物学者ジャクリーン・ボイド氏は、解説記事の中で、チワワの小さな体はコヨーテからの遺伝ではなく、人が小さい個体を選んで繁殖させてきた結果だろうと述べています。先コロンブス期のメソアメリカに小型犬がいたことを示す証拠はあるものの、それが現代のチワワにどうつながるかは分かっていない、というのがボイド氏の整理です。コヨーテがどの形質を残したのかについて、今回の論文は何も言っていません。

数字の重みにも注意が要ります。教師データに使えたコヨーテの全ゲノムは3頭分だけで、犬のモデル全体の精度は人間のときより低い約90%でした。論文自身がこの点を認めていて、参照データが少ない状況でも動くことを示した例、という位置づけです。チワワのコヨーテ由来断片の割合も、論文には示されていません。

それでも、ソフトの性能を見せるための一例として選ばれた犬の解析が、絶えたはずのアメリカ大陸の犬の系統を現代の犬種の中に指し示し、混ざった年代まで人の歴史と符合した。チワワの小さな体のどこかに、300年前のメキシコと、それより前の大陸の犬の名残が刻まれていると思うと、見え方が少し変わります。

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出典

Hilmarsson, H., Kumar, A. S., Barrabés, M. ほか「Scalable high resolution ancestry deconvolution for genomic data」Nature Communications 17, 9070（2026年7月25日）。オープンアクセスで全文が読めます。
https://doi.org/10.1038/s41467-026-75391-0

ScienceAlert「It Turns Out Chihuahuas Are Actually Part Coyote」（Jess Cockerill、2026年9月14日）
https://www.sciencealert.com/it-turns-out-chihuahuas-are-actually-part-coyote